Die Eider-Nordsee-Schule steht mit beiden Standorten aus rechtlichen Gründen offiziell in der Trägerschaft des Schulverbandes Wesselburen.
Im Zusammenlegungsvertrag wurde zwischen dem Amt Eider und dem Schulverband Wesselburen vereinbart, dass das Amt Eider im Innenverhältnis weiterhin für das nichtpädagogische Personal, die Unterhaltung und die Ausstattung des Standortes Hennstedt zuständig bleibt. Der Schulverband Wesselburen bleibt analog dazu für den Standort Wesselburen zuständig. Lediglich die standortübergreifenden Kosten werden gemeinsam getragen.
Um die Interessen des Amtes Eider gegenüber dem Schulverband Wesselburen zu wahren, entsendet das Amt die Mitglieder seines Schulausschusses in die Verbandsversammlung des Schulverbandes Wesselburen. Dies sind:
Peter Ahrens, Mitglied im Amtsausschuss und 1. stv. Bürgermeister Gemeinde Lunden
Antje Arens, Bürgerliches Ausschussmitglied
Gaby Beetz, Bürgermeisterin Gemeinde Fedderingen
Elke Jasper, Bürgermeisterin Gemeinde Tellingstedt
Wiebke Kühl, Bürgerliches Ausschussmitglied
Birgit Meier, Bürgermeisterin Gemeinde Süderheistedt
Ulf Meislahn, Bürgerliches Ausschussmitglied
Max Thießen Ploog, Bürgermeister Gemeinde Dellstedt
Thomas Schittkowski, Bürgermeister Gemeinde Kleve